学院拥有附属医院、研究所以及其它市级医院、特色性医院等三十余所临床教学实习基地，教育质量闻名海内外。

   附属医院：龙华医院、曙光医院、岳阳中西医结合医院、市中医医院、普陀医院、中西医结合医院、第七人民医院、光华医院、宝山医院、第二康复医院；

   研究所：上海市针灸经络研究所、上海市气功研究所；

   社区实践教学基地：上海市浦东新区周家渡社区服务中心、上海市浦东新区上钢社区服务中心；

   实习医院：瑞金医院、上海市第一人民医院、上海市第六人民医院、香山医院、天山中医医院、黄浦区中西医结合医院、静安区中心医院、普陀区中心医院、普陀中医院、上海市第八人民医院、上海市同济医院、仁济医院等。